Come tutti i centri dell'isola in questa fase, Agira ebbe un governo autonomo ed i suoi capi provenivano dagli stessi abitanti.
Alcuni storici affermano che essa fosse stata alleata cen Ducezio (462-440 a.C.) nella grande sollevazione dei Siculi contro i greci e con Leonzio e Siracusa nel 427-416 a.C. Nell'impossibilità di verificare questi avvenimenti, bisogna valutare fin da quell'epoca l'unico dato che emerge: l'importanza del centro.
Storicamente non possiamo affermare nulla di quel periodo che va fino alla seconda spedizione ateniese nell'isola (416-413 a.C.), nè verificare la notizia secondo cui le politica di Agira fu sempre avversa ai coloni greci. (3)
Duraute il dominio di Dionisio I°, Agira ebbe un tiranno: Agyris che prese il nome della città.

(3) BONAVENTURA ATTARDI - "STORIA DELLA INTEGRA CITTA' DI S.FILIPPO DI AGIRA", cap. VI pag.27